Fase Shippuuden de Neji

Resgate do Godaime Kazekage Gaara
Treinou duramente com Hyuuga Hiashi até virar um Jounin, já o resto dos nove Genins de Aldeia da folha apenas eram Chuunins, menos Uzumaki Naruto que saiu da vila para um treinamento e ficou como Genin, pois ele não havia graduado-se no Chuunin Shiken.

Mandado para auxiliar Uzumaki Naruto, Hatake Kakashi e Haruno Sakura na missão de resgate do Kazekage Gaara, sua equipe manteve-se a mesma: Maito Gai, como Jounin líder, Tenten, Rock Lee e Hyuuga Neji. Seu time acaba se deparando com Hoshigaki Kisame no caminho para o encontro com o outro time, que o aprisionou em bolhas d'água, juntamente com Tenten e Rock Lee, apenas Maito Gai continuava a lutar com ele. Hyuuga Neji após uma distração de Hoshigaki Kisame consegue libertar-se, usando seu Byakugan para achar um tipo de abertura na sua prisão de água, usando a técnica Juuken para libertar seu parceiros. Maito Gai venceu a luta, mas descobriu que aquele Hoshigaki Kisame era falso. Quando ele reencontrou o outro time (Uzumaki Naruto, Hatake Kakashi, Haruno Sakura, Tenten, Maito Gai e Rock Lee) eles tiveram de abrir a passagem do esconderijo da Akatsuki, mas a entrada possuia tipo especial de selo, Gofuu Kekkai, que ao ser quebrado criava uma cópia de cada um que havia quebrado o selo, com isso Hyuuga Neji, Tenten, Rock Lee e Maito Gai tiveram de lutar com suas cópias, sendo essas com a mesma força de seus originais. Para derrotar suas cópias o time Gai deve de elevar a sua força e utilizar seus melhores ataques. Ajudou seu time a encurralar Deidara que se explodiu para poder fugir, a missão foi bem sucedida, levando o Kazekage Gaara com vida para Sunagakure no Sato, e depois todos voltam para Aldeia da folha.